為防止滴頭堵塞，要選用溶解性好的肥料，如尿素、磷酸二氫鉀等。施用復合肥時，盡量選擇完全速溶性的專用肥料。確需施用不能完全溶解的肥料時，必須先將肥料在盆或桶等容器內溶解，待其沉淀后，將上部溶液倒入施肥罐進入滴灌系統，剩余殘渣施入土中。

      一般將有機肥和磷肥作基肥使用。因為有的磷肥，如過磷酸鈣只是部分溶解，殘渣易堵塞噴頭。氨水中的氨易揮發，而且要改變水的酸堿性，易引起水中的鈣、鎂沉淀。

      要選擇對灌溉系統腐蝕性小的肥料。如硫酸銨、硝酸銨對鍍鋅鐵的腐蝕嚴重，而對不銹鋼基本無腐蝕；磷酸對不銹鋼有輕度的腐蝕；尿素對鋁板、不銹鋼、銅無腐蝕，對鍍鋅鐵有輕度的腐蝕。